乳制品是益生菌应用的主战场，约占全球推出含益生菌食品饮料的60%。2006年达能推出益生菌品牌酸奶Activia，其中含有的专利菌株Bifidusregularis被临床研究证实有助于调节肠道系统，益生菌酸奶自此成为美国的主流饮品之一，达能的益生菌菌株在那时已经在欧洲应用了10年。该款品牌酸奶受到美国消费者的青睐，上市第一年的市场销售额就达1.5亿美元，同时也将益生菌产品从专业膳食补充剂市场延伸至主流酸奶产品。后来，市场上又陆续推出多款不同品牌的益生菌酸奶产品。但是，酸奶品牌生产商并未意识到该类产品在未来会面临法规的困惑，尤其是在欧洲市场，因为欧洲食品安全局至今未批准益生菌的健康声称。
益生菌市场竞争非常激烈，不及时作出调整就很容易被淘汰。以Activia为例，面临价格下降和竞争对手的双重压力，Activia在2016年第四季度重新部署全球市场，初步的范围包括35个国家，主要是提高品牌的高端地位和肠道健康定位。但是，这种市场策略并未像企业预计的那样，加之达能新鲜乳制品公司的负面问题的持续存在对公司业绩产生影响。
美国市场是主流
就美国的乳制品市场分类而言，可勺型酸奶继续引领益生菌酸奶的主流，约占推出益生菌酸奶的86%，市场渗透率超49%。益生菌含量是美国酸奶市场中常见的卖点，可勺型酸奶不得不提供更多的健康效果去和市场上的同类产品进行竞争。希腊酸奶是酸奶和市场的一个早期趋势，现在的主流趋势还包括冰岛酸奶、清洁标签、不含、纯天然、牧草喂养和有机等。
虽然许多食品饮料生产商目前在降低产品中益生菌的含量，但Activia则继续在美国市场助推其益生菌酸奶。事实上，该品牌酸奶也已经扩大其涵盖的范围，包括水果、希腊酸奶、膳食纤维、无乳糖和其它乳制品等，所有的健康功效都集中在肠道健康方面。（Activia姊妹品牌DanActive是一款益生菌饮料，以乳酸菌的形式在部分国家售卖，主打的健康声称是免疫健康，但其在亚洲和欧洲市场并未达到预期的目标）
开菲尔时光
益生菌酸奶市场的繁荣助推“开菲尔”（Kefir）的出现，最近几年已经成为酸奶市场的主流。尽管开菲尔在全球的推出比例相对较低，但Innova Market Insights市场研究数据显示，2011-2016年该类产品的市场增长翻了三倍。相对而言，全球推出的饮用型酸奶和发酵饮料增长了60%。
美国率先在西方国家中开辟出开菲尔的市场，将其推向主流饮品，并且直接和乳制品和非乳制品饮料相竞争。开菲尔因其健康功效而被大肆宣传，但2016年美国和全球市场上推出的94%产品都具有相关的健康声称。健康声称也从最初强调开菲尔益生菌性能，尤其是有助于肠道健康，转变到更多的健康声称上来，如低脂肪、低糖、有机和无乳糖等。
剂型和口味创新
益生菌膳食补充剂在美国市场的应用比较广泛，发展也相对完善和成熟，市场区分度较高。除传统的片剂、明胶和素食胶囊外，市场上还推出多款不同剂型的产品如咀嚼片、液体补充剂和即用型形式等。益生菌生产商也在不断满足不同群体消费者的健康需求，如Swanson Vitamins最近推出新款膳食补充剂，该产品包括益生菌混合物、优质型产品、益生菌和其它功能原料的复配如酶和维生素D，还针对儿童、女性和老年人推出相对应的产品。
目前，市场上已经推出多款流行原料，如液态益生菌椰子汁、益生菌朝鲜泡菜等，产品的口感也是颇具创新性，包括泰式风味、韩国辛辣味和日本柑橘味等。
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