事发7个月后，昭通市中级法院不公开审理了此案。同年年底，钱仁凤因“投放危险物质罪”被该院判处无期徒刑。其代理律师曾以“事实证据不足、遭遇警方刑讯逼供”为由上诉。
云南省高院以“事情清楚、被告已认罪，定罪准确、量刑适当”为由，向钱仁凤下达了“驳回上诉，维持原判”的裁定书。
入狱后，钱仁凤坚称无罪，不断申诉。
事发时，钱仁凤仅17岁，而今，她已经到了而立之年。生命里最美好的时光，她在铁窗里度过。
钱仁凤的再审辩护律师杨柱说，家人将径直把钱仁凤接回巧家的家中。自钱仁凤13年前被带走后，她就再未见到母亲。今年5月，钱仁凤的母亲因病去世，死前唯一的愿望便是见女儿一眼，但她没等到这一幕。
此前调查发现，这起投毒案从作案动机到作案过程，全部来自钱仁凤的口供，且笔录有多处矛盾。被认定系投毒工具的毒鼠强药瓶上，既无她的指纹，笔录中呈现的毒物来源也相互矛盾。
杨柱称，经过云南省检察院鉴定，巧家公安局3名办案警察在5份笔录中冒充钱仁凤签字，其中包含第一份认罪笔录和第一份作案工具辨认笔录。而根据钱仁凤写给杨柱的信，在第一份认罪笔录作出之前，她接受了12个小时的讯问，被罚跪了几个小时，还被公安用皮鞋打脸。在作出这份有罪供述几个小时后，钱仁凤即翻供。
另一个无法解释的逻辑是：根据法医出具的检验报告，钱仁凤供职幼儿园的厨房内有9种食物均检出“毒鼠强”成分。然而有14名儿童同吃了这些饭菜，但只有3名儿童中毒。
杨柱还认为，警方将女童死因定性为“摄入毒鼠强”，有事实矛盾。卷宗显示，警方经钱仁凤指认后获得的一塑料瓶，被认为是投放毒鼠强的容器。“查获时容器剩余1ml溶液，按照毒鼠强的水溶性，其余7ml溶液内最多含有1。75mg毒鼠强，被投放至23种共10公斤食材中。即便这些含有毒鼠强的食材全部被死者摄入，按照毒鼠强0。1－0。2mg／kg的致死量看，也与18kg体重的死者致死量有差距。”
5月4日，对该案复查近两年的云南省检察院，以该案“事实不清，证据不足”，向云南省高院提出再审检察建议。云南省高院决定再审后，9月29日，钱仁凤案在云南高院开庭。
12月21日，云南高院最终对钱仁凤作出无罪判决。
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