此次改革自2016年1月1日起执行，云南省食品药品监管局负责全省乳制品、酒类、保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品、特殊膳食食品、其他食品共7个食品类别和食品添加剂的生产许可。各州（市）食品药品监管局负责本辖区内24个食品类别的生产许可，包括粮食加工品，食用油、油脂及其制品，调味品，肉制品，饮料，方便食品，饼干，罐头，冷冻饮品，速冻食品，薯类和膨化食品，糖果制品，茶叶及相关制品，蔬菜制品，水果制品，炒货食品及坚果制品，蛋制品，可可及焙烤咖啡产品，食糖，水产制品，淀粉及淀粉制品，糕点，豆制品，蜂产品，饮料，方便食品，茶叶及相关制品等。调整后，原发放的食品生产许可证，其延续、变更、补办、撤销、注销和吊销等权限同步调整。

　　

　　此次改革推行食品生产企业实行“一企一证”。原来按照食品品种许可调整为按照企业主体许可，原来一个企业多张证书调整为一个企业一张证书。食品生产者生产多类别食品的，按照云南省局确定的食品生产许可管理权限，向许可权限级别最高的食品药品监督管理部门提出申请。食品生产企业换发新版食品生产许可证，在食品包装或者标签上标注新的食品生产许可证编号（字母“SC”加上14位阿拉伯数字组成），不再标注“QS”标志。食品生产者原带有“QS”标志的包装和标签，可以继续使用。2018年10月1日起，食品生产者生产的食品不得再使用原包装、标签和“QS”标志。

　　

　　此次改革推行食品生产许可网上办理，实行食品生产许可网上申请、网上受理、网上审查、网上发证、网上公示等全程电子化。对食品生产许可现场核查、食品生产许可发证检验进行了规范，取消了食品委托生产加工备案制度，各级食品药品监督管理部门不再对食品委托生产加工实行备案管理。食品生产企业要真实标注委托方和被委托方的名称、地址及有效联系方式，以及被委托方的食品生产许可证等信息，委托方与被委托方共同对食品质量安全负责。