方案提出的改革总体目标是，充分运用计算机和信息网络技术，着力建设科学完善的财政电子票据管理系统，实现财政电子票据开具、管理、传输、查询、存储、报销入账和社会化应用等全流程无纸化电子控制；着力建立全国财政电子票据信息共享和运用机制，打破信息壁垒，实现全国财政票据信息共享，全面提高财政票据社会需求便捷度，切实达到便民利民的服务目标；着力构建更加科学、高效、便捷的财政票据管理体系，为推进行政事业单位收费管理网络化、政府非税收入征缴电子化和会计电算化管理奠定坚实基础。

方案明确，统一规范财政电子票据管理，包括规范财政电子票据管理流程，统一财政电子票据编码规则，统一财政电子票据数据标准。为确保全国财政电子票据管理改革顺利开展，有效减轻地方负担，避免重复建设，规范财政电子票据赋码、制作等核心环节，各试点地区和部门原则上使用由财政部统一开发建设的财政电子票据管理系统。

方案强调，构建财政电子票据安全保障体系。要按照国家信息系统安全等级保护基本要求，建设符合第三等级要求的财政电子票据管理体系和安全保障制度，从系统、数据、管理等多个维度构建安全体系，消除系统漏洞，杜绝安全隐患，确保财政电子票据在生成、传输、储存等过程中，始终保持真实、完整、唯一、未被更改。

建设财政电子票据数据信息共享和运用机制也是改革的主要内容之一。方案提出，要建立全国统一财政电子票据数据接口标准和信息共享机制，做到全国财政电子票据一站式查询、真伪查验和报销入账等，切实优化社会化应用服务，全面实现便民利民、提高效率的服务管理目标。要与政府非税收入政策对接，实现交叉稽核，从源头杜绝乱收费，构建科学、规范、高效的政府非税收入管理体系。

方案还要求各级财政部门要结合财政电子票据管理工作，建立事前、事中、事后全流程管理体系。各中央部门和单位要结合工作实际，建立健全本部门（单位）财政电子票据监督检查制度，强化财政电子票据使用管理，及时发现问题，解决问题。