2016年（2016年1月1日零时至12月31日24时），全国（不含港澳台，下同）共报告法定传染病发病6944240例，死亡18237人，报告发病率为506.59/10万，报告死亡率为1.33/10万。 
2016年全国法定传染病按类别统计：一是甲类传染病中鼠疫报告发病1例;霍乱报告发病27例，无死亡，报告发病率较2015年上升100.00%。二是乙类传染病除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎和白喉无发病、死亡报告外，其他共报告发病2956472例，死亡17968人；报告发病率为215.67/10万，较2015年下降3.54%；报告死亡率为1.31/10万，较2015年上升7.68％。报告发病数居前5位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾、淋病，占乙类传染病报告发病总数的92.48%；报告死亡数居前5位的病种依次为艾滋病、肺结核、狂犬病、病毒性肝炎和人感染H7N9禽流感，占乙类传染病报告死亡总数的98.84%。三是丙类传染病除丝虫病无发病、死亡报告外，其他共报告发病3987740例，死亡269人，报告发病率为290.91/10万,报告死亡率为0.020/10万，分别较2015年上升17.89%和67.52%。报告发病数居前5位的病种依次为手足口病、其他感染性腹泻病、流行性感冒、流行性腮腺炎和急性出血性结膜炎，占丙类传染病报告发病总数的99.72％；报告死亡数较多的为手足口病、流行性感冒和其他感染性腹泻病，占丙类传染病报告死亡总数的98.51%。 
2016年全国甲乙类传染病按传播途径统计：一是报告肠道传染病发病206177例，死亡29人；报告发病率为15.04/10万，报告死亡率为0.0021/10万，分别较2015年下降9.88%和19.23%。二是报告呼吸道传染病发病926287例，死亡2569人；报告发病率为67.57/10万，报告死亡率为0.19/10万，分别较2015年下降6.21%和上升5.52%。三是报告自然疫源及虫媒传染病发病66765例，死亡709人；报告发病率为4.87/10万，报告死亡率为0.052/10万，分别较2015年下降39.98%和17.44%。四是报告血源及性传播传染病发病1757094例，死亡14658人；报告发病率为128.18/10万，报告死亡率为1.07/10万，分别较2015年上升1.15%和9.86%。