截至2013年，对转基因食品尚无明确分类，根据惯例按不同标准可进行不同分类。

根据转基因食品中是否含有转基因源为标准可分为如下三种不同类型：

（ 1） 食品本身不含转基因的转基因食品，是指食品尽管来源于转基因生物，但其产品本身并不会有任何转移来的基因。

（ 2） 转基因食品中确实含有转基因成分，但在加工过程中其特性已发生了改变，转移来的活性的基因不复存在于转基因食品中的转基因食品。

（ 3） 转基因食品中确实带有活性的基因成分，人们食用这种转基因生物或食品后，转移来的基因和生物本身固有的基因均会对人体造成影响的转基因食品。

根据转基因食品来源的不同可分为如下三种不同类型：

（ 1） 植物性转基因食品。所谓植物性转基因食品，是指以含有转基因的植物为原料的转基因食品。

（ 2） 动物性转基因食品。所谓动物性转基因食品，是指以含有转基因的动物为原料的转基因食品。

动物的转基因食品，主要是利用胚胎移植技术培养生长速率快、抗病能力强、肉质好的动物或动物制品。

（ 3） 微生物转基因食品。所谓微生物转基因食品，是指以含有转基因的微生物为原料的转基因食品。转基因微生物食品，主要是利用微生物的相互作用，培养一系列对人类有利的新物种。

　根据食品中转基因的功能的不同大致可以分成以下6 种类型：

（ 1） 增产型的转基因食品

（ 2） 控熟型的转基因食品

（ 3） 保健型的转基因食品

（ 4） 加工型的转基因食品

（ 5） 高营养型的转基因食品

（ 6） 新品种型的转基因食品