根据第九届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔１９９８〕５号），设置卫生部。卫生部是主管卫生工作的国务院组成部门。

根据以农村为重点、预防为主、中西医并重、依靠科技与教育、动员全社会参与、为人民健康服务、为社会主义现代化建设服务的新时期卫生工作方针，卫生部的主要职责是：

（一）研究拟定卫生工作的法律、法规和方针政策，研究提出卫生事业发展规划和战略目标，制订技术规范和卫生标准并监督实施。

（二）研究提出区域卫生规划，统筹规划与协调全国卫生资源配置，制订社区卫生服务发展规划和服务标准，指导卫生规划的实施。

（三）研究制订农村卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。

（四）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育。制订对人群健康危害严重疾病的防治规划；组织对重大疾病的综合防治；发布检疫传染病和监测传染病名录。

（五）研究指导医疗机构改革，制订医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范性并监督实施。

（六）依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量。

（七）研究拟定国家重点医学科技、教育发展规划，组织国家重点医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作；管理直属单位。

（八）监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校工作，组织制订食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。

（九）制订国家卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范，拟定卫生机构编制标准、卫生技术人员资格认定标准并组织实施。

（十）组织指导医学卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流的卫生援外工作，组织参与国际组织倡导的重大卫生活动。组织协调我国与世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作。

（十一）贯彻中西医并重的方针，推进中医药的继承与创新，实现中医药现代化。

（十二）承担全国爱国卫生运动委员会的日常工作。

（十三）负责中央保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，按照规定管理中央各部门有关干部的医疗工作。

（十四）组织调度全国的卫生技术力量，协助地方人民政府和有关部门，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疫病的发生、蔓延。

（十五）承办国务院交办的其他事项。

根据国务院规定，管理国家中医药管理局。

2003年，经中央机构编制委员会办公室批准，卫生部内设司局进行调整，设办公厅、人事司、规划财务司、卫生政策法规司、卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）、农村卫生管理司、卫生执法监督司、基层卫生与妇幼保健司、医政司、疾病控制司(全国爱国卫生运动委员会办公室)、科技教育司、国际合作司、保健局等13个职能司（局、厅、办）和机关党委。

2006年，经中央机构编制委员会办公室、人事部批准，卫生部有关内设机构进行了调整，疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）更名为疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室），卫生执法监督司更名为卫生监督局，基层卫生与妇幼保健司更名为妇幼保健与社区卫生司。