蛋白质要被吸收和利用，还需要在此基础上进一步被改造。研究证实，在小肠黏膜细胞的刷状缘和细胞液中存在一些寡肽酶，如氨基肽酶和二肽酶等。氨基肽酶从肽链的末端逐个水解释放出氨基酸，最后生成二肽。二肽再经二肽酶水解，最终生成氨基酸，然后经基底膜上的氨基酸载体运至血液。但也有一些寡肽可以直接进入血液。研究人员也已经在摄取低聚肽的受试者血液中检测到相应的二肽、三肽成分。