2014年，面对机构改革后的新职能、新任务，南京市食药监局大力推进食品药品安全诚信体系建设。一是加强监管诚信建设，提高部门公信力。结合廉政风险防控机制建设和行政绩效管理活动，先后制定了《行政执法责任制》、《行政执法过错追究制度》、《行政执法监督检查制度》等制度，统一许可准入条件、处罚的尺度。同时，加快推进食品药品电子监管信息平台建设，实行食品药品监管季度报告和年度白皮书制度，在许可审批、认证、换证工作中，向社会公开办事依据、标准、程序、时限和结果，实行执法信息的公开透明。二是加强企业诚信分类建设，宽严相济优化监管。食品生产环节，按照“三分监管”原则对全市755家食品生产企业进行分类监管，分别采取“信任监管、一般监管、跟踪监管、重点监控”措施；食品流通环节，对全市4万余家食品流通经营户实行信用等级分类监管，按照A、B、C、D对应“守信、警示、失信、严重失信”4个监管级别进行监管；餐饮环节，实行量化分级管理，保持动态分级率保持100%。药械环节，结合日常监督、专项检查、GSP认证、GMP检查等工作，开展零售药店药品和医疗器械安全信用等级评定，全市诚信药店达87%以上。三是加强社会诚信监督建设，形成共治格局。在做好食品药品企业岗前培训、日常宣教的基础上，先后组织开展了食品安全宣传周、药品安全宣传月活动，以举报投诉热线为平台，充分发动社会力量，加强群众对食品药品的关注度和认知度。四是强化两法衔接，严惩失信行为。推行“黑名单”制度，严惩失信行为，提升企业品牌意识，同时充分发挥药监部门和公安部门的资源优势，做到两法无缝衔接、密切配合，严惩食品安全违法犯罪行为。2012年至今，南京市全市食品药品监管系统共立案查处各类药械违法案件1013件，涉案金额5千多万元，捣毁制假售假窝点51个，取缔无证经营户69个，移送公安刑事案件80余起，其中立案55件，32人已被追究刑事责任。